Oblast Pakoštane byla osídlena již v době kamenné. Počátky dnešní obce spadají do prvních desetiletí 15. století. Za chorvatsko-uherských králů se místo nazývalo Pakosene.

Dodnes mohou návštěvníci vidět zbytky starověkého osídlení, vil bohatých patricijů a v moři pozůstatky římských vlnolamů. Obce Pakoštane má velký historický význam stejně jako ostrov Vrgáda, které ve svém díle popisuje již zmíněný byzantský císař Konstantin Porphyrogenitus.  Také Vrana má klíčovou roli v chorvatské historie. Nachází se tam  pevnost a klášter templářských rytířů.

Vranské jezero je od nepaměti důležitým ekonomickým prvkem, ke kterému se stahovala pozornost nejen pro krásu, ale především kvůli pitné vodě